Dieses Problem ist vermutlich darauf zurückzuführen, dass Sie die Option "Zu späte Entschuldigungen nicht mehr akzeptieren" aktiviert haben. Dies können Sie leicht daran erkennen, dass Fehlmeldungen, wie im Bild zu sehen als "Unentschuldigt" markiert werden:

Das bedeutet, dass die Fehlmeldung bereits so lange zurück liegt, dass der Schüler die Möglichkeit verpasst hat, eine Entschuldigung abzugeben. Nach dieser Zeit wird die Fehlmeldung als "Unentschuldigt" markiert. Damit ist es auch nicht mehr nötig / möglich, eine Entschuldigung abzugeben. Damit handelt es sich bei der Fehlmeldung auch nicht um eine "Fehlende Entschuldigung" und entsprechend taucht der Eintrag nicht in der Auswertung auf.

Sie können die Frist, die dem Schüler gewährt wird, sich zu entschuldigen einstellen unter Extras => Einstellungen in dem Reiter Entschuldigungsbehandlung. Dort können Sie diese Option auch komplett deaktivieren.